Zakład podlega Radzie Miejskiej w Zielonej Górze. Dyrektora Zakładu wyłonionego w drodze konkursu zatrudnia i zwalnia Prezydent Miasta.
Dyrektor kieruje działalnością Zakładu na podstawie i w granicach pełnomocnictwa udzielonego przez Zarząd Miasta.
Dyrektor kieruje Zakładem w granicach zatwierdzonego planu rzeczowo-finansowego przy pomocy:
- Głównego Księgowego,
- Podległych komórek i stanowisk funkcyjnych.
Szczegółową strukturę organizacyjną oraz podział zadań ustala Dyrektor MZK.